結論から言うとこういうコードを書いた話です。
vkF0:: Shift & vk14:: Gosub,ro Return ro: ; ここにCapslockへ割り当てたい処理 Return
Capslockを操作するのにはレジストリを編集しF13等を割り当てる必要があるというのが通説のようです。今回調べてみてその認識が変わりました。
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vkF0::Return Shift & vk14::Return
これで無効化できるなら何らかの処理を割り当てることも可能ではないかと試行錯誤した結果が上のコードです。直接複雑な機能を割り当てることは難しいのですが上記のコードのようにGosubで飛ばしてしまえば、ある程度の処理を行うことが可能です。