論理配列を変更しようとする人が何を考えるべきなのか、注意を３点にまとめます。
１．大まかな方向性を決める
ブレが起きにくいようにまず方向性を決めておくのをおすすめします。私であれば「社説のコピー打鍵をノーミスで行う」です。大西配列のように高い志を掲げるのも一手です。
『大西配列』は、すべての既成配列よりローマ字入力に適していることはもちろん、「原理的にこれからも超えられない」ような配列を目指して開発されました。
大西配列
大事なのは自身が納得できるかどうかです。他者の視線はさほど重要ではありません。
２．知性と感性で作成・変更する
文字の配置を決めるには参考となるサイトがいくつかあります。私はもっぱら141Fさんのエントリを参考にしていますが、フルスクラッチの場合は他のデータを見る必要があるかもしれません。参考となりそうなリンクをいくつか貼っておきます。
Weblog 61℃: 10万字サンプルにおける文字の出現頻度。
【薙刀式】各カナの二連接頻度表（頻出順）: 大岡俊彦の作品置き場
3-gramの比較検討 - 最適化計算によるかな配列『月見草』 - atwiki（アットウィキ）
練習を繰り返すうちに当初の感覚とズレがあればためらうことなく変更しましょう。誰もあなたを止める人はいません。
３．粘り強く変更を続ける
志が高いほど納得できる配置を発見するには長い時間が必要です。粘り強く変更を続けてください。
